Созопол е най-старият град по българското черноморско крайбрежие. Най-ранното селище в района възникнало в края на 5 век преди Христа. Първото име на града, дадено му от гръцките колонисти при неговото създаване е Антеа. То е променено по-късно в Аполония в чест на древногръцкия бог Аполон, покровител на изселниците, почитан и като лечител. За бъде различаван от други градове с името Аполония съществували по-това време (като Аполония Илирийска или Аполония Мидрониорум) градът е известен и с пояснителния си епитет Понтика, тоест Понтийска, Черноморска (на старогръцки Ἀπολλωνία Ποντική) или Магна, Велика. От късната античност Аполония е известна като Созополис(изписвано на гръцки Σωζόπολις, в превод Град на спасението, избавлението или оздравяването). В генуезски извори и морски карти издадени след 13 век града е споменат с имената Sixopoli, Sizopoli, Sinopolis, Sunopolis, Susopori, Suxopori, Gisopoli, Gixopoli и Grisopoli.
През османския период името се видоизменя в турското Сизеболу или Сизеболи. След Освобождението се налага българската форма Созопол. През Средновековието градът е преминавал във владение на Римската империя, Византия и България. Независимо от държавното владение, запазва статута си на областен и епископален град. За утвърждаването му като един от най-важните християнски центрове по Западното Черноморие, голямо значение изиграват манастирите („Св. Йоан Продром“, „Св. св. Кирик и Юлита“ и „Св. Анастасия“ на едноименните острови; „Св. Никола“ при днешния град Черноморец и манастирите в града – „Св. Йоан“, „Св. Апостоли“ и „Св. Богородица“.). Изградените крепостни стени около града през V-VI в. го превръщат във важно търговско средище по крайморския път Виа Понтика към Константинопол. През 1453 година след дълга обсада и въпреки помощта на венециански и генуезки кораби, градът пада във властта на османските турци. През XVII век Созопол често е обект на пиратски набези (предимно от запорожки казаци). През 1629 година всички манастири и църкви в града са опожарени и унищожени от турците. В резултат от опустошенията Созопол отстъпва водещата си роля в региона. След Освобождението градът става голям риболовен център по Българското Черноморие и се открива Рибарско училище, което подготвя кадри за модерен риболов с кораби и кадети за военноморските сили.
Старият град, познат като Старинен Созопол, е обявен за архитектурен и археологически резерват. Многобройни са историческите паметници в Созопол – Тракийски крепости в района на Медни рид, Тракийски надгробни могили, като някои от тях все още не са археологически проучени, Антични некрополи, крепостни стени. През 2010 г., по време на археологически разкопки сред руините на средновековния манастир „Свети Йоан Предтеча“ на созополския остров „Св Иван“, бе открит малък каменен саркофаг (реликварий) с ритуално положени в него човешки костици – парченца от лицева част, част от пръст на дясна ръка и зъб, за които при намирането им се изказа предположението, че са на Свети Йоан Кръстител. Проведените изследвания – изотопен анализ в Оксфорд и ДНК анализ в Копенхаген – с висока научна стойност доказват, че отделните костици са на едно и също лице – мъж, вегетарианец, на средна възраст 30-40 години, живял в интервала 5-та г. пр. Хр.-75-та г. сл. Хр. Тези и други съвпадения дават основание на учените да изведат като доказателство, че са намерени мощи на историческата личност, покръстила самия Исус Христос. Откритието е с изключително значение не само за целия християнски свят. То подробно е отразено във филма на National Geographic Channel „В търсене на главата на Йоан Кръстител“. Филмът е закупен и откритието е популяризирано от ред други световни телевизионни компании. Мощите се съхраняват и излагат за поклонение в созополската църква „Св. Св. Кирил и Методий“.